菌種的接種與培養。接種時試管(瓶口)朝下并靠近酒精燈火焰處，用接種針把母種試管內的菌絲體連同原培養基切成0.50厘米x 0.50厘米小塊移入1支新試管培養基斜面上，塞緊棉花，放到23℃恒溫箱或培養室中培養8-10天菌絲即長滿斜面。
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原種、栽培種的接種與培養。用接種針把母種試管內的菌絲體挑取1平方厘米菌種塊接入原種(或栽培種)瓶中的培養基上，同樣瓶口靠近酒精燈火焰處，速度要快。接好后塞上棉花，放到23℃培養室中培養。
液體菌種的接種與培養在高壓滅菌后的液體培養基內接入2平方厘米生長旺盛的斜面母種一塊，使汽生菌絲的一面向上懸浮于液面，在23℃溫度下靜態培養2-3天，再置于復式搖瓶機(振蕩頻率80-100次/分鐘)上振蕩培養3-4天，當液體呈淺黃色、清澈透明、具有香味時，移入消毒后的接種室，在酒精燈火焰口處將液體倒入經消毒的栽培種培養基表面，量為每瓶10-15毫升，然后置于23℃氣溫的培養室中培養27天左右即可成為栽培種使用。液體菌種的特點是在原種量小的情況下作為原種使用，采用液體培養基培養僅需1周左右，比培養固體原種可縮短4倍的時間，而且菌齡一致，菌絲健狀，生活力旺盛。
金針菇菌種的保藏：
1、低溫保藏：把長滿斜面的菌種放在4℃冰箱中，每隔5個月再移植1次。
2、常溫保存：用木屑配制的培養基菌絲長滿后用石臘封閉棉塞，常溫下保存。
3、液氮保藏：菌種貯藏在-130℃—-193℃的液氮罐內。
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